分子建模 - 从材料模拟软件到三维软件的桥梁 - Jmol

     在科研绘图中总是不可避免的碰到分子和晶体建模的问题，对于有一定经验的研究生来说，用分子模拟软件如Vesta，Diamond，Crystalmaker，Material Studio都可以很轻松的完成复杂分子的建模，并导出大尺寸图片。但是，眼光稍微有点挑剔的人都很难满足于这些图片的质量，尽管这些软件都非常专业，但软件里面对模型的材质、颜色、灯光等都不能进行丰富的调整，简单点说就是非常“素”，合成在文章的示意图里面还能用，想画点高质量的cover，这些模型图片就难入法眼了。于是我们自然会想到在三维软件里对分子模型（主要是球棍模型）进行建模，这可是体力活，做做小分子还行（像O2，H2O）。空间结构稍微复杂点的，如CH4，就要一个个手动调整原子的空间位置，费神！一旦遇到不熟悉的分子，健角和健长都还得查资料，加上错综复杂的空间结构~~OMG，算了，还是用Vesta的导出图吧。

      所以这些年我一直盼望有高人能开发一款跨平台的插件，将分子模拟软件里分子的空间信息转换为三维软件里的空间坐标，这样专业软件和三维软件就可以手拉手了。但是，不管是max还是c4d，我都没看到有这样的插件出现~~呃，其实还是有一款的，c4d里的一个专门针对蛋白质分子建模的开源插件，叫ePMV，但是由于上手太难就放弃去学它了，况且我也用不着画蛋白质。

      下面开始介绍一款免费的小巧神器——Jmol（http://wiki.jmol.org/index.php/JSmol）

      这是一个基于Java或Html5的小软件，它之所以能解决我的问题，原因其实很简单，它能读取分子模拟软件的文件（如CIF，PDB），并将其转换为三维软件识别的stl网格文件（如下图）。遗憾的这个软件不能导出贴图信息，但是能导出网格我已经很幸福了。CIF和PDB文件有些人应该比较熟悉，上面四个分子模拟软件基本上都能导出这种格式。所以，现在我的工作流程就是：向客户索要分子结构的源文件——相应的模拟软件打开，导出CIF——Jmol读取CIF，导出stl——C4D读取stl。常见的分子还可以在chemdraw里绘制，然后黏贴到chem3d生成球棍模型，之后chem3d导出CIF！

      HAPPY！